Οι στόχοι της εταιρείας είναι οι εξής: 

• Η προαγωγή της χειρουργικής και η προώθηση γενικότερα της ιατρικής επιστήμης και έρευνας στο χώρο των παθήσεων του παχέος εντέρου και του πρωκτού στην Ελλάδα.
• Η έγκαιρη διάγνωση και αντιμετώπιση των παθήσεων του παχέος εντέρου και του πρωκτού, η οποία επιτυγχάνεται με τη συνεργασία ομάδων ιατρών εκ των συναφών ειδικοτήτων.
• Η ανάπτυξη υλικοτεχνικής υποδομής προς εκπλήρωση των στόχων της εταιρείας
• Η οργάνωση πρωτοκόλλων καταγραφής (registries) ασθενών με παθήσεις  του παχέος εντέρου - πρωκτού, σε συνεργασία με αντίστοιχες ελληνικές ή ευρωπαϊκές εταιρείες.
• Η συμβολή στην εκπαίδευση, εξειδίκευση, συνεργασία και διαμόρφωση κοινής πορείας και ιατρικής ορολογίας με τους ιατρούς συναφών ειδικοτήτων όπως: ουρολόγων, παθολογοανατόμων, κυτταρολόγων, παθολόγων-ογκολόγων, όπως και πάσης άλλης σχετικής ειδικότητος.
• Η οργάνωση Πανελληνίων και Διεθνών συνεδρίων, ημερίδων, σεμιναρίων, ειδικών φροντιστηρίων - προγραμμάτων πρακτικής εκπαίδευσης στο χειρουργείο κ.α.
• Η ανάπτυξη επιστημονικών σχέσεων και επαφών με ομοειδείς εταιρείες του διεθνούς χώρου και ειδικότερα των χωρών της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
• Η έκδοση περιοδικών, ενημερωτικών φυλλαδίων ή και εξειδικευμένων συγγραμμάτων.
• Η ουσιαστική συμμετοχή της εταιρείας στις διαδικασίες διαμόρφωσης του προγράμματος και των συνθηκών εκπαίδευσης των νέων ιατρών, προς απόκτηση γνώσεων στο χώρο της χειρουργικής των παθήσεων του παχέος εντέρου - πρωκτού.
• Η ανάπτυξη πρωτοβουλιών για τη δημιουργία συγκεκριμένων προγραμμάτων μετεκπαίδευσης στον χώρο της χειρουργικής των παθήσεων του παχέος εντέρου - πρωκτού και την επίσημη αναγνώρισή της, ως υποειδικότητας ή στο εγγύς μέλλον και ειδικότητας.
• Η δημιουργία βιβλιοθήκης με περιοδικά και εξειδικευμένα συναφή συγγράμματα.
• Η δημιουργία τράπεζας πληροφοριών με θέματα της χειρουργικής των παθήσεων του παχέος εντέρου - πρωκτού.
• H διαμόρφωση guidelines για την αντιμετώπιση καλοήθων και κακοήθων παθήσεων παχέος εντέρου και πρωκτού.